اقر مجلس جامعة آل البيت الذي عقد برئاسة الدكتور نبيل شواقفة رئيس جامعة آل البيت تعليمات جديدة للدراسات العليا في الجامعة ليتم العمل بها اعتباراً من بداية العام الجامعي 2008/2009م وهي تنظم شؤون الدراسات العليا في الجامعة بأسلوب جديد ورؤية جديدة تواكب التطورات والتقدم الذي تشهده الجامعة في كافة الميادين، بما في ذلك تنظيم عملية الإشراف على الرسائل الجامعية وشروطها وتحديد متطلبات نيل درجة الماجستير والمواد المطلوبة، وكذلك التركيز على إعداد رسائل جامعية تتضمن إضافة للعلم والمعرفة. كما قرر المجلس الموافقة على تعليمات البحث العلمي لتنظيم البحث العلمي وتنسيقه وتشجيعه ودعمه ومتابعته ونشر نتائجه وتقديم مختلف إشكال الدعم المالي والمعنوي لأعضاء هيئة التدريس والمحاضرين المتفرغين في الجامعة للقيام بالبحث العلمي وتنميته ، وتشجع الجامعة التعاون بين الباحثين داخل الجامعة وخارج الجامعة وإنشاء فرق للبحث العلمي في التخصصات المختلفة، وتعمل على تأصيل البحث العلمي وتوطينه لخدمة المجتمع والوطن وتعمل على المساواة في ربط العلم مع مؤسسات البحث العلمي العربية والدولية وتبادل العلم والمعرفة .