انطلاقاً من حرص جامعة آل البيت على خدمة المجتمع المحلي والنشاطات الاقتصادية المختلفة في محافظة المفرق فقد تم تأسيس مركز بحوث المياه والبيئة والمناطق الجافة في بداية عام 2009، ويهدف المركز لإجراء البحوث المتعلقة بالمياه والبيئة وموارد المناطق الجافة في الأردن والتي تشمل دراسات موارد المياه وإدارتها والموارد الطبيعية والبشرية وتقييم الآثار البيئية للمشاريع وتقديم الخدمات في مجال الرصد والوعي البيئي والتصاميم البيئية الهندسية والمشاركة في وضع التشريعات البيئية وعقد المؤتمرات والندوات والبرامج التدريبية لمنح الشهادات في مجالات المياه والبيئة والمناطق الجافة، والقيام بالدور التنسيقي لتوجيه طلبة الدراسات العليا لتنفيذ أبحاثهم بما يحقق أهداف المركز والإشراف على تنفيذ تلك البرامج بالتنسيق مع عمادة الدراسات العليا وعمادة البحث العلمي والكليات المعنية في الجامعة وذلك بالتنسيق مع المؤسسات ذات العلاقة، كما سيعمل المركز على إنشاء وإدارة قاعدة بيانات للدراسات والأبحاث المتعلقة بالمياه والبيئة والمناطق الجافة، وتبني المشاريع البحثية ذات العلاقة بأهداف المركز والعمل على توفير الدعم المالي لها من خلال المؤسسات المانحة محلياً ودولياً، ويقوم المركز حالياً بتنفيذ عدد من المشاريع البحثية الممولة من صندوق دعم البحث العلمي في وزارة التعليم العالي وجامعة آل البيت والوكالة الأمريكية للإنماء الدولي